Yesterday” apresenta ao jogador uma história na qual mendigos começam a desaparecer, em Paris. Após o desaparecimento, seus corpos carbonizados são encontrados com uma estranha marca em suas mãos. Quando percebe que a polícia e a imprensa não estão prestando muita atenção nas mortes
, o protagonista Henry White, um jovem milionário que também participa de uma organização de caridade (Children of Don Quixote), começa a investigar as estranhas ocorrências.